I lavori di restauro della Chiesa inferiore di San Francesco hanno portato alla luce alcuni affreschi che testimoniano la presenza dei “Bianchi” o “Flagellanti”. Questo movimento penitenziale, che caratterizzò l’anno santo del 1400, nacque nel nord Europa e si diffuse in Italia attraverso molte città, tra cui Assisi, Vallo di Nera, Terni, Leonessa e Rieti. I “Bianchi”, pellegrini che indossavano una tunica bianca con una croce rossa sul petto e un cappuccio anch’esso bianco, calato sul volto, imploravano pace e misericordia pregando, digiunando e flagellandosi in pubblico. Nonostante l’opposizione ecclesiastica, il movimento sopravvisse fino al 1703 a Leonessa, dove fu protetto dai francescani che concessero loro la chiesa inferiore di San Francesco come oratorio.
La chiesa conserva alcuni affreschi che testimoniano la presenza dei “Bianchi”, tra cui “La Madonna di Loreto”, “La Processione dei Bianchi”, lo stemma della Confraternita e “Santa Chiara di Montefalco”, la loro protettrice. Ancora oggi, durante le processioni, si possono vedere alcuni uomini vestiti con le tuniche dei “Bianchi”, che recano semplici crocefissi per ricordare la Confraternita.